COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 18.023336 18.023336 17.707355
2021-03-02 17:00:00 16.231033 16.231033 17.541202
2021-03-01 17:00:00 19.579563 19.579563 17.471819
2021-02-28 17:00:00 16.711185 16.711185 17.256446
2021-02-27 17:00:00 17.164843 17.164843 17.052576
2021-02-26 17:00:00 18.988995 18.988995 16.903934
2021-02-25 17:00:00 19.084453 19.084453 16.660365

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 22.541306 22.541306 11.100263
2021-03-02 17:00:00 11.061151 11.061151 11.099380
2021-03-01 17:00:00 4.203633 4.203633 10.513804
2021-02-28 17:00:00 7.593583 7.593583 10.502023
2021-02-27 17:00:00 12.965668 12.965668 10.427989
2021-02-26 17:00:00 19.241983 19.241983 10.595893
2021-02-25 17:00:00 12.611047 12.611047 10.612135

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 15.856777 15.856777 13.065903
2021-03-02 17:00:00 14.121037 14.121037 13.330064
2021-03-01 17:00:00 7.129278 7.129278 13.089340
2021-02-28 17:00:00 11.373874 11.373874 13.026762
2021-02-27 17:00:00 13.714286 13.714286 12.992554
2021-02-26 17:00:00 13.509317 13.509317 13.248821
2021-02-25 17:00:00 16.358839 16.358839 13.316678

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 9.087317 9.087317 8.362987
2021-03-02 17:00:00 5.049505 5.049505 8.222145
2021-03-01 17:00:00 10.965868 10.965868 8.081472
2021-02-28 17:00:00 9.667674 9.667674 8.056126
2021-02-27 17:00:00 8.151700 8.151700 8.133936
2021-02-26 17:00:00 8.992537 8.992537 8.144346
2021-02-25 17:00:00 8.279983 8.279983 8.144712

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 15.923374 15.923374 16.699973
2021-03-02 17:00:00 18.940937 18.940937 16.355808
2021-03-01 17:00:00 20.148778 20.148778 15.915335
2021-02-28 17:00:00 14.674536 14.674536 15.583580
2021-02-27 17:00:00 15.083418 15.083418 15.210113
2021-02-26 17:00:00 18.623392 18.623392 14.935888
2021-02-25 17:00:00 15.792610 15.792610 14.578352

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 33.405876 33.405876 34.081309
2021-03-02 17:00:00 35.533879 35.533879 33.898711
2021-03-01 17:00:00 68.558606 39.146819 34.204512
2021-02-28 17:00:00 35.251216 35.251216 34.106172
2021-02-27 17:00:00 33.272251 33.272251 33.682051
2021-02-26 17:00:00 36.965260 36.965260 33.620933
2021-02-25 17:00:00 28.843500 28.843500 33.257228

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 19.862425 19.862425 17.898475
2021-03-02 17:00:00 15.100883 15.100883 17.519975
2021-03-01 17:00:00 18.756816 18.756816 16.859047
2021-02-28 17:00:00 18.522542 18.522542 16.689050
2021-02-27 17:00:00 18.787635 18.787635 16.200400
2021-02-26 17:00:00 16.678546 16.678546 15.844208
2021-02-25 17:00:00 19.688671 19.688671 15.331075

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 7.535197 7.535197 6.730586
2021-03-02 17:00:00 5.439311 6.040268 6.596258
2021-03-01 17:00:00 9.786277 5.378255 6.502762
2021-02-28 17:00:00 6.818182 6.818182 6.502868
2021-02-27 17:00:00 7.032106 7.032106 6.414952
2021-02-26 17:00:00 8.462554 8.462554 6.355369
2021-02-25 17:00:00 16.893073 6.982045 6.290404

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 13.161660 13.161660 12.642827
2021-03-02 17:00:00 12.602842 12.602842 12.550038
2021-03-01 17:00:00 13.739440 13.739440 12.778345
2021-02-28 17:00:00 12.326044 12.326044 12.846452
2021-02-27 17:00:00 13.033791 13.033791 12.921550
2021-02-26 17:00:00 13.764706 13.764706 12.836192
2021-02-25 17:00:00 14.814815 10.996395 12.761236

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 32.208266 32.208266 30.274297
2021-03-02 17:00:00 37.199644 37.199644 29.909693
2021-03-01 17:00:00 28.162512 28.162512 29.486788
2021-02-28 17:00:00 26.627933 26.627933 28.920536
2021-02-27 17:00:00 31.014579 31.014579 28.249642
2021-02-26 17:00:00 30.256955 30.256955 27.619848
2021-02-25 17:00:00 27.240627 27.240627 26.981955

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 15.881984 15.881984 15.260985
2021-03-02 17:00:00 8.234127 8.234127 15.083755
2021-03-01 17:00:00 24.545955 24.545955 15.112274
2021-02-28 17:00:00 22.826087 22.826087 14.966277
2021-02-27 17:00:00 13.491124 13.491124 14.906173
2021-02-26 17:00:00 19.741007 19.741007 14.871886
2021-02-25 17:00:00 13.013333 13.013333 14.601905

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 8.985283 8.985283 10.159852
2021-03-02 17:00:00 3.742204 3.742204 9.781940
2021-03-01 17:00:00 18.303571 18.303571 9.848315
2021-02-28 17:00:00 13.846154 13.846154 9.663698
2021-02-27 17:00:00 8.213820 8.213820 9.548067
2021-02-26 17:00:00 12.805474 12.805474 9.625154
2021-02-25 17:00:00 8.632138 8.632138 9.762355

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 69.825436 69.825436 78.572891
2021-03-02 17:00:00 100.425532 81.018519 80.104402
2021-03-01 17:00:00 63.350785 164.921466 79.540439
2021-02-28 17:00:00 52.314815 52.314815 78.301003
2021-02-27 17:00:00 75.714286 75.714286 77.648774
2021-02-26 17:00:00 69.721116 69.721116 77.999164
2021-02-25 17:00:00 80.135440 80.135440 77.449740

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 52.500000 84.597156 85.136423
2021-03-02 17:00:00 47.311828 73.333333 85.184314
2021-03-01 17:00:00 15.489130 91.032609 87.079051
2021-02-28 17:00:00 74.772727 74.772727 87.362652
2021-02-27 17:00:00 59.098787 85.786164 87.445545
2021-02-26 17:00:00 89.769821 89.769821 87.482115
2021-02-25 17:00:00 114.366197 114.366197 87.974308

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 19.730424 19.730424 19.542975
2021-03-02 17:00:00 16.203424 20.977836 19.025480
2021-03-01 17:00:00 25.920108 25.920108 18.848714
2021-02-28 17:00:00 18.969506 18.969506 18.494885
2021-02-27 17:00:00 17.064062 17.064062 18.096692
2021-02-26 17:00:00 16.592367 16.592367 17.817120
2021-02-25 17:00:00 19.306865 19.306865 17.496435

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 26.682184 26.682184 25.823610
2021-03-02 17:00:00 15.975591 15.975591 24.992292
2021-03-01 17:00:00 21.986063 36.132404 25.171806
2021-02-28 17:00:00 53.262519 53.262519 25.477171
2021-02-27 17:00:00 23.528179 23.528179 25.379345
2021-02-26 17:00:00 23.101067 23.101067 25.216018
2021-02-25 17:00:00 28.430648 28.430648 24.941236

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 4.263402 3.102575 3.580737
2021-03-02 17:00:00 3.399709 3.399709 3.520271
2021-03-01 17:00:00 3.602882 3.608247 3.639702
2021-02-28 17:00:00 3.725206 3.725206 3.728321
2021-02-27 17:00:00 3.878734 3.878734 3.775590
2021-02-26 17:00:00 3.899721 3.899721 3.755108
2021-02-25 17:00:00 4.132231 4.132231 3.877299

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 10.933063 10.933063 10.607370
2021-03-02 17:00:00 12.382411 11.331331 10.520989
2021-03-01 17:00:00 9.719398 9.719398 10.456364
2021-02-28 17:00:00 9.320988 9.320988 10.361781
2021-02-27 17:00:00 10.349650 10.349650 10.322447
2021-02-26 17:00:00 11.571572 11.571572 10.178965
2021-02-25 17:00:00 11.343449 11.343449 10.032156

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 8.772724 8.772724 8.904019
2021-03-02 17:00:00 9.147501 9.147501 8.918348
2021-03-01 17:00:00 12.183940 7.721770 8.887502
2021-02-28 17:00:00 9.579334 9.579334 8.866851
2021-02-27 17:00:00 9.071866 9.071866 8.831810
2021-02-26 17:00:00 10.627119 10.627119 8.792634
2021-02-25 17:00:00 10.918627 7.644628 8.750453

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 25.704526 25.704526 28.685252
2021-03-02 17:00:00 45.085803 45.085803 28.224505
2021-03-01 17:00:00 58.088235 28.364611 28.022743
2021-02-28 17:00:00 65.432099 22.198953 27.763046
2021-02-27 17:00:00 25.274725 25.274725 28.070844
2021-02-26 17:00:00 31.765835 31.765835 28.066234
2021-02-25 17:00:00 27.958115 27.958115 28.237504

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 5.487805 5.487805 6.583852
2021-03-02 17:00:00 6.896552 6.896552 6.412465
2021-03-01 17:00:00 7.142857 7.142857 6.729163
2021-02-28 17:00:00 18.032787 4.918033 6.673476
2021-02-27 17:00:00 6.666667 6.666667 6.575419
2021-02-26 17:00:00 11.206897 11.206897 6.611262
2021-02-25 17:00:00 2.061856 2.061856 6.764971

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-03 17:00:00 33.030382 33.030382 31.673021
2021-03-02 17:00:00 29.554753 29.554753 31.853742
2021-03-01 17:00:00 34.795153 34.795153 31.150839
2021-02-28 17:00:00 30.417362 30.417362 30.691239
2021-02-27 17:00:00 32.830864 32.830864 30.741170
2021-02-26 17:00:00 35.244671 35.244671 30.293180
2021-02-25 17:00:00 30.325581 30.325581 30.070998

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 22.541306 22.541306 11.100263
Basilicata 15.856777 15.856777 13.065903
Calabria 9.087317 9.087317 8.362987
Campania 15.923374 15.923374 16.699973
Emilia-Romagna 33.405876 33.405876 34.081309
Friuli Venezia Giulia 19.862425 19.862425 17.898475
Lazio 7.535197 7.535197 6.730586
Liguria 13.161660 13.161660 12.642827
Lombardia 32.208266 32.208266 30.274297
Marche 15.881984 15.881984 15.260985
Molise 8.985283 8.985283 10.159852
P.A. Bolzano 69.825436 69.825436 78.572891
P.A. Trento 52.500000 84.597156 85.136423
Piemonte 19.730424 19.730424 19.542975
Puglia 26.682184 26.682184 25.823610
Sardegna 4.263402 3.102575 3.580737
Sicilia 10.933063 10.933063 10.607370
Toscana 8.772724 8.772724 8.904019
Umbria 25.704526 25.704526 28.685252
Valle d'Aosta 5.487805 5.487805 6.583852
Veneto 33.030382 33.030382 31.673021

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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